Awal Terbentuk
Pembentukan Badan Mutu pada awalnya merupakan salah satu program dari Proyek Kesehatan Propinsi atau Provinsial Health Project (PHP) di Daerah Istimewa Yogyakarta.

Salah satu komponen PHP adalah kegiatan Managing Desentralization di mana antara lain berupa Upgrading the Regulatory Framework yang di DIY disebut Pengembangan Sistem Regulasi Pelayanan Kesehatan.

Tujuan usaha pengembangan ini adalah untuk meningkatkan kualitas tenaga dan sarana pelayanan kesehatan dengan cara mengembangkan kerja sama antara pemerintah dengan organisasi profesi maupun lembaga lain dalam kegiatan lisensi, akreditasi dan sertifikasi.

Pada akhirnya dicapai kesimpulan bahwa usaha pengembangan yang paling tepat adalah membentuk sebuah lembaga mutu pelayanan kesehatan yang akan bekerjasama dengan dinas kesehatan dalam kegiatan lisensi dan surveilans mutu pelayanan kesehatan.

Evolusi Bentuk

Proses panjang program pengembangan sistem regulasi pelayanan kesehatan sampai dengan pembentukan Badan Mutu di DIY secara singkat adalah sebagai berikut:

Tahun 2001:

• Diagnosis masalah regulasi pelayanan kesehatan melalui workshop, diskusi kelompok terarah dan wawancara dengan provider, pemerintah, dan pengguna pelayanan kesehatan.

Tahun 2002:

• Studi banding regulasi pelayanan kesehatan di Singapura, Malaysia, dan Amerika Serikat.
• Merancang pembentukan lembaga baru sebagai mitra pemerintah, dan mensosialisasikan model regulasi baru tersebut.
• Pembagian peran dan wewenang antara pemerintah dan lembaga baru.

Tahun 2003:

• Survei ulang seluruh sarana pelayanan kesehatan di Kab/Kota untuk penyusunan data base sarana pelayanan kesehatan.
• Pembentukan commitment building dan workshop pembentukan badan mutu.
• Studi kelayakan pendirian badan mutu.

Tahun 2004:

• Penyusunan rencana stratejik badan mutu
• Rekrutmen dan operasionalisasi badan mutu

Tahun 2023:

• Bertransformasi secara kelembagaan menjadi PT. Bahana Mutu Pelayanan Konsultan